Q1.有過敏體質的人，要小心基改食品？
台北榮總毒物科主治醫師楊振昌認為，基改產品上市前，都會經過多項測試，而目前市面上流通的基改大豆，上市至今已近二十個年頭，還沒有科學證據指出會引起過敏。「民眾總對未知的東西很害怕，但是像抽菸、喝酒、嚼檳榔都已經證實會致癌，還是一堆人堅持不戒，覺得自己可以控制。」
台大醫院腎臟科醫師姜至剛的看法則比較謹慎，他指出，以毒理學的角度來看，基因改造的研究「難以觀察」且「難以控制」。「實驗室通常都會拿容易過敏的人的血清去測，但是也有可能是不容易過敏的人，反而會對這個基改產品產生過敏反應。」
美國馬里蘭大學食品與營養加工學系教授羅揚銘曾做過研究，發現將基因植入到另一生物體內會產生排斥效果，「所以，轉基因的雞肉也有可能會產生片段毒素，因為有許多毒素都是屬於短鏈蛋白，並不是說一定有害，只是要格外小心。」
Q2.市面上標示的「非基改」產品，我要怎麼吃？
根據關務署統計，一四年台灣的黃豆進口量約為二四三萬噸，糧商估計，其中只有兩萬五千噸為非基改，占百分之一左右。加上台灣自產的一千噸非基改黃豆，算下來，相當於台灣每消費一百顆黃豆，就有九十九顆是基改黃豆。其中，用來做成豆腐、豆漿、豆花等豆製品所需的黃豆量約為三十萬噸，相當於每吃十顆黃豆，只有一顆是非基改黃豆。那麼，市面上為什麼還有這麼多非基改產品呢？
經過衛生署歷年的抽查顯示，目前大型通路中，標示不實的比率約十％。然而路邊的豆漿店、市場賣的豆腐，以及外食餐廳使用的豆類製品等等，大都未標示是否為基改產品，這些都屬基改食品高危險區。
Q3.進口黃豆農藥容許量高，素食者的風險最高？
素食者的蛋白質來源多為豆類，尤其以黃豆為最大宗。賴曉芬憂慮，近期多所國小開始推動「蔬食日」，廠商為使營養午餐的蛋白質含量達標，反而讓小朋友食用大量基因改造黃豆。
主婦聯盟祕書長賴曉芬質疑我國對進口黃豆的嘉磷賽（一種常用除草劑，又稱年年春）容許量高達10ppm，但對國內生產的毛豆要求只允許0.2ppm，是官方有意放寬黃豆進口的標準，而世界衛生組織於今年三月底的報告更指出，嘉磷賽可能有致癌風險。
對此，農委會科技處處長盧虎生回應，「毛豆是急速冷凍加工，沒經過乾燥、高溫處理，代謝農藥的機會低」，而黃豆製成品多半經過高溫處理，農藥殘留已衰減，所以才對黃豆的農藥容許量設得比較高。
Q4.我們吃的黃豆，在國外是給牛吃的飼料？
賴曉芬、台大農藝系教授郭華仁都曾指出，國人食用的黃豆多為飼料級黃豆。穀物商Peter's Commodities亞太區銷售總監陳國慶也透露，基因改造大豆上市之前，台灣進口的黃豆都是飼料級的，經過去雜質的選豆過程之後，才用於食品加工。
對此，美國在台協會回應，美國黃豆只針對外觀、含雜質物量分級，既沒區分基改或非基改，也沒區分飼料級或食用級，若有，也是私人交易合約中定的標準。
盧虎生則解釋，理論上沒有分食用、飼料等級，但是一直以來都有一套約定成俗的標準：食品級黃豆，是指某些黃豆品種的蛋白質含量特別高，容易出漿，適合東方人做豆腐、豆漿；而油脂含量較高的品種，則用來榨油；飼料用的黃豆則是沒經過特別挑選的黃豆。
擔任基因改造食品審議小組成員十餘年的台大農化系教授潘子明更拍胸脯保證，台灣審核基因改造大豆的標準都採用「食品級」標準，因此，民眾不需太過擔心。
Q5.歐盟、日本反對基改，全球產量為何年年升高？
一三年五月，當美國奧勒岡州被發現小麥含有基改成分時，日本立即取消進口美國西部的小麥。歐盟二十八個會員國中，只有五個國家商業化種植基改作物，其他國家的基改試驗田只能用於研究。法國反對基改的非營利團體，更曾經在夜間偷偷焚燒基改試驗田，導致當地政府必須立法嚇阻。反孟山都的遊行，更是遍及全球五十多個國家。然而，基改產量卻年年攀升(如下圖)，原因究竟為何？
郭華仁認為，美國食品暨藥物管理局（FDA）被財團把持，所以將基改標準訂得非常寬鬆，甚至不用標示，消費者連有沒有吃到基改都不知道。
盧虎生則提出了不同觀點，他認為，基改作物產量上升，是由於開發中國家變得更富有，對於肉類的需求提升。而提供肉類的家禽、家畜的主食來源就是大豆、玉米等基改作物，因此連帶拉動對基改作物的需求。
Q6.基改作物有風險，會變成「超強雜草」？
雖然基改食品目前還沒明確科學證據證實對人體有害，但已有許多研究發現，基改作物容易對生態環境帶來汙染原生種、雜草化、讓害蟲產生抗藥性等負面影響。
基改作物生存能力強，遇到開花期或運輸過程，可能落在田間自行生長。無商業種植基改作物的日本，就在○四年間發現，田間的油菜出現基改成分。此外，由於基改作物具耐旱、抗蟲、抗除草劑等特性，若飄散到其他種植區域，可能會變成超強雜草。加拿大西部的麥田就充滿了許多基改油菜，至今仍難以治理。
更嚴重的是，澳洲科學家發現基改大豆甚至會與雜草雜交，讓雜草也具有抗藥性。
今年初，美國已出現能抵抗基改玉米的超級害蟲。過去種植基改作物時，要求必須留兩成的土地種傳統作物，降低害蟲的生態壓力，但農民卻為了追求更多利益而未遵守，使害蟲提早產生抗藥性。基改公司對抗的方法，就是在玉米裡植入更多的抗蟲基因，現在已有植入六種不同基因的新品種，但植入的基因之間，是否會互相影響，仍有待觀察。
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